Τα αρμόδια όργανα για την οργάνωση και λειτουργία του ΔΠΜΣ είναι:
- η Σύγκλητος Ειδικής Σύνθεσης του ΕΚΠΑ
- η Σύγκλητος Ειδικής Σύνθεσης του Πανεπιστημίου Αιγαίου
- η Γενική Συνέλευση Ειδικής Σύνθεσης του ΤΟΕ του ΕΚΠΑ
- η Γενική Συνέλευση Ειδικής Σύνθεσης του Τμήματος Στατιστικής και Αναλογιστικών Χρηματοοικονομικών Μαθηματικών του Πανεπιστημίου Αιγαίου
- η Ειδική Διατμηματική Επιτροπή (ΕΔΕ) του ΔΠΜΣ «Εφαρμοσμένη Οικονομική και Χρηματοοικονομική», η οποία αποφασίζει για θέματα που αφορούν το πρόγραμμα σπουδών, την οικονομική διαχείριση, την επιβολή τελών παρακολούθησης και για κάθε άλλο ειδικότερο θέμα διοίκησης και λειτουργίας του προγράμματος
- η Συντονιστική Επιτροπή
- ο Διευθυντής του ΔΠΜΣ
- η Ειδική Συμβουλευτική Επιτροπή Λογιστικής Ελεγκτικής (ΕΣΕΛΕ), η οποία αποτελεί συμβουλευτικό όργανο της ΕΔΕ και γνωμοδοτεί για θέματα που αφορούν το πρόγραμμα σπουδών, τη διοίκηση και την οργάνωση των κατευθύνσεων «Εφαρμοσμένη Λογιστική και Ελεγκτική» και «Δημόσια Ελεγκτική»
